流式细胞计数原理非常简单：细胞悬浮液被染色后通过一个放置在显微镜下的毛细管，每个通过的细胞都被附在显微镜上的成像设备拍照。
Fossomatic FC对体细胞进行计数。
1. 通过一个独特的培养液来培养牛奶，然后用机械处理将除了细菌以外的所有成份破碎，细菌菌落也被分成单个的细菌。
2. 在培养阶段，细胞被一个特定的DNA染色介质染色。
3. 在测量点上，样品暴露于一个激光光源发射的光束中，被染色的细菌会发出红光 – 每个通过光束的细菌都会发出一个光脉冲。
4. 整个样品使用一个非常精确的注射器通过流动池，细菌会一个接一个的通过而不会叠加。
5. 电子装置对脉冲进行计数，然后通过PC监控器上的脉冲高度分析图展示出来。